Ze względu na specyfikę i stan rozpoznania terenu oraz profesję uczestników dominującą dziedziną badań Polskiej Wyprawy Naukowejsą nauki o Ziemi: wulkanologia, tektonika, geomorfologia, sedymentologia, geologia dynamiczna i złożowa. Dziedzinami pomocniczymi są botanika, waloryzacja geoturystyczna, planowanie przestrzenne, medycyna tradycyjna i lokalne leki mineralne. Przeprowadzono rekonesans ornitologiczny.
Tematy podejmowane są z inicjatywy uczestników wyprawy. Początkowo inicjatywy takie pojawiały się w oddzielnych zespołach uczelnianych lub instytutowych, obecnie wynikają często ze współpracy tych zespołów. Odczuwalna jest potrzeba ściślejszej współpracy ze specjalistami peruwiańskimi i sformułowania wspólnych tematów. Na razie powiodło się to na polu geologii złóż epitermalnych we współpracy z geologami CM Buenaventura. Konkretne tematy zostały zestawione w tabeli 1.
Tab.1. Wybrane projekty badawcze Polskiej Wyprawy Naukowej do Peru"