W latach 2003-2008 PWNP współpracowała z władzami regionu Arequipa i samorządami lokalnymi, przekazując im informacje o zamiarach i postępach prac oraz publikacje wyników. Otrzymywano w zamian ulgi w zakwaterowaniu i zwolnienie z opłat turystycznych. W roku 2010 pozostała gościnność gospodarzy, lecz uzyskanie informacji było utrudnione. Pomimo umowy z UNSA, po przeniesieniu zainteresowanej osoby do innej placówki rozwijająca się pomyślnie współpraca ustała. W roku 2010 drugi z najważniejszych uniwersytetów, UCSM, wyraził zainteresowanie umową o współpracy naukowej z AGH. Pomyślnie współpracowano z przedsiębiorstwami górniczymi, zwłaszcza z CM Buenaventura, konsultując bieżące problemy poszukiwań złóż złota i zagospodarowania terenów pogórniczych, a przede wszystkim korzystając z infrastruktury kopalń i transportu. Nawiązano kontakty z pozarządowymi organizacjami ekologicznymi, które ostatnio napotykają podobne jak PWNP opory ze strony samorządów. Pomimo zawodu, jaki sprawili nieobecni na konferencji prelegenci, uzyskaliśmy ich zapewnienie o zainteresowaniu współpracą.
Od początku badań utrzymywane są kontakty z geologami zagranicznymi (J.-C. Thouret, A. Delacour, B.Janský) oraz archeologami pracującymi na omawianym terenie (A. Belan, M.Sobczyk, M.Ziółkowski), polegające na wymianie informacji.