Cykl ten ma na celu usunięcie z organizmu szkodliwego amoniaku, ze względu na jego znaczną toksyczność nawet w małych stężeniach. W wyniku pełnego obrotu cyklu są wydzielane dwie cząsteczki NH3, z których jedna jest wychwytywana ze środowiska , a druga pochodzi z grupy aminowej asparaginianu (chociaż przyjmując, że następuje sprzężenie cyklu ornityny z aminacja fumaranu do asparaginianu - można uważać, że obie grupy amidowe mocznika pochodza z amoniaku odebranego ze środowiska).
Przemiana ta jest energetycznie kosztowna, gdyż związanie dwóch cząsteczek NH3, odbywa się kosztem trzech cząsteczek ATP (adenozynotrifosforan - zwiazek wysokoenergetyczny).
Pełny aparat enzymatyczny cyklu mocznikowego znajduje się w mitochondriach, jest to szczególnie zrozumiałe ze względu na duże zapotrzebowanie na ATP i z uwagi na udział asparaginianu i glutaminianu, które mogą sie wytwarzać z keto - analogów - szczawiooctanu i ketoglutaranu, występujacych jako produkty pośrednie cyklu kwasów karboksylowych, tamże zlokalizowanego. Część reakcji przebiega także w cytoplazmie.