User Tools
research:computer-aided-histopathology:imagescope
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
research:computer-aided-histopathology:imagescope [2016/04/17 00:34] pkleczek |
— (current) | ||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | ====== ImageScope ====== | ||
| - | Program do przeglądania zdjęć //ImageScope// pozwala m.in. na oglądanie równocześnie wielu preparatów oraz na dokonywanie korekty ustawień koloru, a do tego działa szybciej i jest bardziej responsywny (gdyż korzysta z lepszego prefetchingu i cachowania). | ||
| - | |||
| - | Oficjalna strona programu //ImageScope//: [[http://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/digital-pathology-management/imagescope/|(klik)]] | ||
| - | |||
| - | ===== Otwieranie plików preparatów ===== | ||
| - | |||
| - | Aby oglądnąć preparaty w programie //ImageScope// należy utworzyć plik ''.svs'' o podobnym schemacie, co poniższy (oczywiście zmieniając odpowiednio identyfikator preparatu): | ||
| - | <code> | ||
| - | <SIS version="1.0"> | ||
| - | <Image> | ||
| - | <URL>//histo.anat.ubc.ca/PATHOLOGY/Anatomical Pathology/DermPath/Case 018.svs</URL> | ||
| - | </Image> | ||
| - | </SIS> | ||
| - | </code> | ||
| - | W programie ImageScope podczas otwierania pliku należy wybrać z listy rozwijanej zawierającej typ pliku opcję //ScaneScope Image Set (.sis)//. | ||
| - | |||
| - | ===== Zapis fragmentów zdjęcia ===== | ||
| - | |||
| - | Aby zapisać fragment zdjęcia, wybierz opcję //File > Save snapshot// (bądź kliknij odpowiednią ikonę na pasku narzędzi). | ||
| - | |||
| - | :!: ImageScope dodaje po prawej stronie zdjęcia wąski czarny pasek. | ||
| - | |||
| - | ===== Tworzenie namiastki WSI ===== | ||
| - | |||
| - | Możesz stworzyć namiastkę zdjęcia całego preparatu histopatologicznego (Whole Slide Image, WSI) wykonując serię zrzutów, a następnie sklejając je np. z użyciem programu [[http://research.microsoft.com/en-us/um/redmond/projects/ice/|Image Composite Editor]]. | ||
| - | |||
| - | Przed sklejaniem zrzutów dobrze jest usunąć czarne paski. W tym celu można wykorzystać mechanizm automatycznego wykonywania zadań dla serii obrazów, udostępniany np. w pakiecie Photoshop. | ||
| - | |||
| - | ==== Batch Processing (w Photoshop CS2) ==== | ||
| - | |||
| - | * Utworzyć akcję zawierającą operację Crop (o 2 piksele z prawej strony). | ||
| - | * Wybrać //File > Automate > Batch...// | ||
| - | * Wybrać folder źródłowy | ||
| - | * Zaznaczyć opcję //Suppress Color Profile Warnings// | ||
| - | * Wybrać folder docelowy | ||
| - | * Zaznaczyć opcję //Override Action „Save As” Commands// | ||
| - | * Kliknąć //OK// | ||
research/computer-aided-histopathology/imagescope.1460846094.txt.gz · Last modified: 2020/03/25 11:46 (external edit)
Page Tools
