User Tools
research:computer-aided-histopathology:imagescope
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
research:computer-aided-histopathology:imagescope [2017/02/17 17:28] pkleczek [Save slide regions locally] |
— (current) | ||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | ====== ImageScope ====== | ||
| - | |||
| - | Program do przeglądania zdjęć //ImageScope// pozwala m.in. na oglądanie równocześnie wielu preparatów oraz na dokonywanie korekty ustawień koloru, a do tego działa szybciej i jest bardziej responsywny (gdyż korzysta z lepszego prefetchingu i cachowania). | ||
| - | |||
| - | Oficjalna strona programu //ImageScope//: [[http://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/digital-pathology-management/imagescope/|(klik)]] | ||
| - | |||
| - | ===== Otwieranie plików preparatów ===== | ||
| - | |||
| - | Aby oglądnąć preparaty w programie //ImageScope// należy utworzyć plik ''.svs'' o podobnym schemacie, co poniższy (oczywiście zmieniając odpowiednio identyfikator preparatu): | ||
| - | <code> | ||
| - | <SIS version="1.0"> | ||
| - | <Image> | ||
| - | <URL>//histo.anat.ubc.ca/PATHOLOGY/Anatomical Pathology/DermPath/Case 018.svs</URL> | ||
| - | </Image> | ||
| - | </SIS> | ||
| - | </code> | ||
| - | W programie ImageScope podczas otwierania pliku należy wybrać z listy rozwijanej zawierającej typ pliku opcję //ScaneScope Image Set (.sis)//. | ||
| - | |||
| - | ===== Save slide regions locally ===== | ||
| - | |||
| - | To save a slide region on your hard drive, choose the "Extract Region" tool from the toolbar. Then, click and drag on the slide preview to select the region. By default the scale of the saved image is set to 100%, which means the slide will be saved in the original resolution (typically the image taken under x40 magnification). After you finished the setup, click the "Extract" button. | ||
| - | |||
| - | :!: //ImageScope// will not save the scale bar, so it is important to somehow add the information about the actual magnification of the saved slide (eg. in the "Description" field). | ||
research/computer-aided-histopathology/imagescope.1487348885.txt.gz · Last modified: 2020/03/25 11:46 (external edit)
Page Tools
