User Tools
research:computer-aided-histopathology
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
research:computer-aided-histopathology [2016/10/14 21:14] pkleczek [Histologia, histopatologia] |
— (current) | ||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | ====== Histopatologia wspomagana komputerowo ====== | ||
| - | Poniżej zamieściłem odnośniki do przydatnych materiałów związanych z tą tematyką badawczą. | ||
| - | |||
| - | ===== Algorytmy i ich implementacje ===== | ||
| - | |||
| - | * [[https://github.com/mitkovetta/staining-normalization|Mitko Veta's repo]] | ||
| - | * normalizacja i dekonwolucja koloru dla zdjęciach preparatów barwionych H&E | ||
| - | * [[https://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/research/combi/research/bic/software/|BIA Lab - Software]] | ||
| - | * Stain Normalisation Toolbox | ||
| - | * [[http://amida13.isi.uu.nl/?q=node/69|MICCAI 2013 Grand Challenge – Staining unmixing and normalization]] | ||
| - | * implementacja metody Macenko et al. (2009) | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ===== Bazy zdjęć preparatów histopatologicznych ===== | ||
| - | |||
| - | ==== Zdjęcia poglądowe ==== | ||
| - | |||
| - | * [[http://www.histologyguide.org/slidebox/slidebox.html|Histology Guide]] (T. Clark Brelje, Robert L. Sorenson) | ||
| - | * Pathorama (University of Basel) | ||
| - | * [[http://pathorama.ch/vcollections/index.html|Pathorama - vCollections]] | ||
| - | * [[http://pathorama.ch/vslides/index.html|Pathorama - vSlides]] | ||
| - | * [[http://alf3.urz.unibas.ch/pathopic/e/intro.htm|Pathorama - PathoPic]] | ||
| - | * [[http://www.mbfbioscience.com/iowavirtualslidebox|The Iowa Virtual Slidebox]] (MBF Bioscience) \\ Do przeglądania zdjęć wymagany program //Biolucida//. | ||
| - | * [[http://missinglink.ucsf.edu/lm/ids_101_histo_resource/index.htm|Prologue Histology Resource]] (UCSF School of Medicine) \\ W ramach danego laboratorium należy klikać linki //Labeled version//. | ||
| - | |||
| - | ==== WSIs ==== | ||
| - | |||
| - | * [[http://histo.anat.ubc.ca/|VirtualSLIDEBOX]] (University of British Columbia) \\ Do przeglądania zdjęć warto skorzystać z programu [[research:computer-aided-histopathology:imagescope|ImageScope]]. \\ Histopatologia skóry: [[http://histo.anat.ubc.ca/PATHOLOGY/Anatomical%20Pathology/DermPath/view.apml|(klik)]] | ||
| - | * [[https://digitalpathologyassociation.org/whole-slide-imaging-repository|Whole Slide Imaging Repository]] (Digital Pathology Association) \\ Odnośniki do kolejnych stron z atlasami (tworzonymi przez uczelnie otwartymi bazami zdjęć). | ||
| - | * [[http://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/slidelibrary/slidelibrary_advanced.php|Virtual Pathology Slide Library]] (University of Leeds) | ||
| - | * [[http://vmw-aperioimg03.duhs.duke.edu/|Virtual Slide Collection]] (Duke University) \\ Zdjęcia nieposortowane, brak możliwości wyszukiwania. | ||
| - | * [[http://141.214.65.171/view.apml?|Slide Collection]] (University of Michigan) \\ Odnośniki do zdjęć pogrupowane tematycznie: [[https://web.duke.edu/histology/SlideIndex.html|(klik)]] | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ==== Atlasy histologiczne i histopatologiczne ==== | ||
| - | |||
| - | * [[http://www.anatomyatlases.org/MicroscopicAnatomy/MicroscopicAnatomy.shtml|Atlas of Microscopic Anatomy]] | ||
| - | * [[https://pl.wikibooks.org/wiki/Atlas_histopatologii_guz%C3%B3w_sk%C3%B3ry|Atlas histopatologii guzów skóry]] (Leszek Woźniak, Krzysztof W. Zieliński) | ||
| - | * [[http://melanocytepathology.com/slide-sets/|Melanocyte Pathology - Slide Sets]] \\ Przypadki zmian melanocytowych wraz z bogatymi rozpoznaniami i odpowiednimi zdjęciami. | ||
| - | |||
| - | ===== Bazy danych ===== | ||
| - | |||
| - | (m.in. pod kątem zadań uczenia maszynowego - często zawierają //ground truth//) | ||
| - | |||
| - | * [[https://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/research/combi/research/bic/data/|BIA Lab: Datasets for Sharing]] | ||
| - | |||
| - | ===== Kursy internetowe ===== | ||
| - | |||
| - | ==== Histologia, histopatologia ==== | ||
| - | |||
| - | * **[[http://www.histology.leeds.ac.uk/index.php|The Histology Guide]]** -- University of Leeds \\ Między innymi przystępny opis technik histologicznych. | ||
| - | * [[https://histologie.unibas.ch/index.php/info.html|Kurs histologii ogólnej]] (niem.) – Universität Basel, Medizinische Fakultät (2009) | ||
| - | * [[https://eliph.klinikum.uni-heidelberg.de/|Kurs patologii ogólnej]] (niem.) – Universitätsklinikum Heidelberg | ||
| - | * [[https://pathobasic.wordpress.com/|PathoBasic - Essential Pathology for Residents]] – w ramach projektu Pathorama | ||
| - | * [[http://cnx.org/contents/Fho-qM2D@1.1:tZedWrCQ@3/Histology-Module-1-Introductio|Histology]] – Rice University | ||
| - | * [[https://ocw.mit.edu/courses/health-sciences-and-technology/hst-035-principle-and-practice-of-human-pathology-spring-2003/index.htm|Principle and Practice of Human Pathology]] -- MIT | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | ==== Anatomia ==== | ||
| - | |||
| - | * [[http://cnx.org/contents/FPtK1zmh@8.25:zMTtFGyH@4/Introduction|Anatomy & Physiology]] – Rice University | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ===== Grupy badawcze ===== | ||
| - | |||
| - | ==== Obrazowanie ==== | ||
| - | |||
| - | * [[https://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/research/combi/research/bic/|Bioimage Analysis (BIA) Lab at Warwick]] | ||
| - | |||
| - | ==== Medycyna ==== | ||
| - | |||
| - | * [[http://www.unispital-basel.ch/index.php?id=6902&L=4|Universitätspital Basel - Pathologie - Cancer Research]] | ||
| - | ===== Varia ===== | ||
| - | |||
| - | * [[http://pathorama.ch/|Pathorama]] – platforma z materiałami (zdjęcia, kursy, materiały dydaktyczne) związanymi z patologią | ||
research/computer-aided-histopathology.1476472482.txt.gz · Last modified: 2020/03/25 11:46 (external edit)
Page Tools
