User Tools

Site Tools


research:computer-aided-histopathology:imagescope

This is an old revision of the document!


ImageScope

Program do przeglądania zdjęć ImageScope pozwala m.in. na oglądanie równocześnie wielu preparatów oraz na dokonywanie korekty ustawień koloru, a do tego działa szybciej i jest bardziej responsywny (gdyż korzysta z lepszego prefetchingu i cachowania).

Oficjalna strona programu ImageScope: (klik)

Otwieranie plików preparatów

Aby oglądnąć preparaty w programie ImageScope należy utworzyć plik .svs o podobnym schemacie, co poniższy (oczywiście zmieniając odpowiednio identyfikator preparatu):

<SIS version="1.0">
	<Image>
		<URL>//histo.anat.ubc.ca/PATHOLOGY/Anatomical Pathology/DermPath/Case 018.svs</URL>
	</Image>
</SIS>

W programie ImageScope podczas otwierania pliku należy wybrać z listy rozwijanej zawierającej typ pliku opcję ScaneScope Image Set (.sis).

Zapis fragmentów zdjęcia

Aby zapisać fragment zdjęcia, wybierz opcję File > Save snapshot (bądź kliknij odpowiednią ikonę na pasku narzędzi).

:!: ImageScope dodaje po prawej stronie zdjęcia wąski czarny pasek.

Tworzenie namiastki WSI

Możesz stworzyć namiastkę zdjęcia całego preparatu histopatologicznego (Whole Slide Image, WSI) wykonując serię zrzutów, a następnie sklejając je np. z użyciem programu Image Composite Editor.

Przed sklejaniem zrzutów dobrze jest usunąć czarne paski. W tym celu można wykorzystać mechanizm automatycznego wykonywania zadań dla serii obrazów, udostępniany np. w pakiecie Photoshop.

Batch Processing (w Photoshop CS2)

  • Utworzyć akcję zawierającą operację Crop (o 2 piksele z prawej strony).
  • Wybrać File > Automate > Batch…
  • Wybrać folder źródłowy
  • Zaznaczyć opcję Suppress Color Profile Warnings
  • Wybrać folder docelowy
  • Zaznaczyć opcję Override Action „Save As” Commands
  • Kliknąć OK
research/computer-aided-histopathology/imagescope.1460846094.txt.gz · Last modified: 2020/03/25 11:46 (external edit)