Po etapie krystalizacji magmy, w trakcie której powstają skały magmowe (stadium ortomagmowe) następują etapy pneumatolityczny i hydrotermalny, który czasem może zostać zastąpiony etapem ekshalacyjnym (Bolewski & Parachoniak 1986). W końcowym etapie krystalizacji magmy mogą powstawać pegmatyty zawierające minerały bogate w składniki lotne (amfibole, miki). W etapie pneumatolityczny magma resztkowa jest wzbogacona w składniki krystalizujące w niższych temperaturach. Faza gazowa oddziałuje z wykrystalizowanymi wcześniej minerałami. Powstają wtedy miki litowe, turmalin, topaz, beryl, kasyteryt, wolframit, molibdenit i inne.
Pomiędzy właściwym etapem magmowym a etapem pneumatolitycznym wyróżniamy etap pegmatytowy (in.epimagmowy). Najważniejszą rolę odgrywają wtedy resztki magmowe składające się głównie z krzemianów silnie rozrzedzonych przez fazę gazową. Krystalizują wtedy pegmatyty - skały żyłowe cechujące się grubokrystalicznością. Krystalizacja skał żyłowych jest uwarunkowana tektoniką i powstawaniem szczelin kontrakcyjnych, które tworzą się w wyniku rozładowania naprężeń w górotworach związanych ze stygnięciem magmy. Roztwory zawierające resztki pomagmowe wędrują ku górze wykorzystując szczeliny i rozluźnienia w skałach. W pustkach tych dochodzi do krystalizacji często dużych osobników minarałów o pokrojach własnopostaciowych. Duże znaczenie mają też reakcje zachodzące pomiędzy resztkami magmowym a wcześniej wykrystalizowanymi minerałami. Na skutek wymiany jonów (metasomatoza) powstają nowe, czasami rzadkie minerały.
Pegmatyty są skałami magmowymi lub metasomatycznymi z typowymi dużymi i wielkimi kryszatałami skaleni alkalicznych, kwarcu, mik i innych minerałów. Z reguły wykazują skład mineralny zbliżony do skał magmowych, z którymi są związane. Występują w formach pni, dajek, nieregularnych żył, soczewek, gniazd i brzeżnych stref masywów magmowych (Ryka & Maliszewska 1982). Mogą być związane z różnymi typami skał magmowych dlatego wyróżniamy:
Najbardziej rozpowszechnione są pegmatyty granitoidowe. Powstają one w peryferyjnych częściach masywów granitoidowych. Sięgają do 2-3km w ich głąb i na podobną odległość penetrują skały otaczające plutony. Cechą charakterystyczną pegmatytów granitoidowych jest olbrzymia zmienność składników mineralnych. Może w nich występować ponad 280 różnych minerałów. Najważniejszymi są jednak: kwarc, miki, topaz, turmaliny, beryl, miki litowe, apatyt i fluoryt. Minerały często tworzą duże osobniki. Pegmatyty granitoidowe mają z reguły proste składy mineralne, stąd wyróżnia się:
Pegmatyty skaleniowe zbudowane niemal wyłącznie z kwarcu i skaleni alkalicznych (ortoklaz, mikroklin, albit, pertyt). Wykształcone są jako granity pismowe, w których kwarc tworzy prawidłowo zorientowane wrostki tkwiące w masie skaleni alkalicznych (zob. granitoidy pismowe). Pokrewne są im pegmatyty mikowe z dużymi kryształami muskowitu, flogopitu lub biotytu.
Pegmatyty berylowe, turmalinowe i topazowe zawierające duże kryształy mik, berylu, topazów lub turmalinów.
Pegmatyty kryolitowe zawierające minerały litu, np. amblygonit i spodumen.
Pegmatyty uranowe i torowe zawierające minerały promieniotwórcze uranu i toru.
Pegmatyty ziem rzadkich zawierające niobiany, tantalany, cyrkoniany i tytaniany ziem rzadkich.
Pegmatyty kruszcowe będące urozmaiconą grupą skał żyłowych dzielącą się na odmiany cynonośne z kasyterytem, wolframitowe, molibdenowe, tytanowe, miedzionośne, złotonośne.
Pegmatyty litowe zawierające minerały fluoru, np. chiolit.