Kwarcyty mogą powstawać w dwojaki sposób. W skałach osadowych mogą być produktami diagenetycznej rekrystalizacji spoiwa krzemionkowego w piaskowcach kwarcowych. Ważniejszą rolę odgrywają jednak w skałach metamorficznych. Mogą wtedy tworzyć produkty różnych stadiów metamorfizmu regionalnego. Kwarcyty metamorficzne powstają z przeobrażenia piaskowców kwarcowych lub mułowców. Wykazują podobieństwo do piaskowców o spoiwie krzemionkowym. Na skutek rekrystalizacji spoiwa są jednak od nich bardziej jednolite, masywne, zbite i szkliste.
Kwarcyty mają różną, ale z reguły jednolitą barwę. Moga być beżowe, białe, brązowe, grafitowe, zielone, czy też czerwone. Mają tekstury homeoblastyczne, drobnoblastyczne. Kryształy bądź blasty kwarcu mają pokroje ksenomorficzne. Dominują struktury masywne i zbite oraz łupkowe. Gdy zaznacza się w nich struktura łupkowa - mówimy o łupkach kwarcytowych. Skały wykazują niezwykłą spoistość i bardzo wysoką twardość. Są niezwykle wytrzymałe i odporne na zarysowania oraz ścieranie. Dzięki drobnokrystalicznej budowie powierzchnie kwarcytowe szklą się w świetle. Głównym składnikiem kwarcytów jest oczywiście kwarc. W zależności od zawartych w protolicie minerałów dodatkowych, poza kwarcem mogą pojawić się w niewielkich ilościach: muskowit, biotyt, skalenie (głównie albit lub ortoklaz), granaty i inne.
Szczególnym rodzajem kwarcytów są tzw. kwarcyty daktylowe. Są to skały porfiroblastyczne z dużymi, wydłużonymi blastami kwarcu przypominającymi daktyle. Geneza tych skał nie jest jasna. Prawdopodobnie są produktem metamorfizmu oligomiktycznych zlepieńców kwarcowych albo produktem dynamometamorfizmu.
W Polsce kwarcyty metmorficzne występują głównie w masywach metamorficznych Sudetów oraz wsród głazów narzutowych Polski północnej i środkowej. Kwarcyty diagenetyczne występują wśród osadowych górnokambryjskich kwarcytów Gór Świętokrzyskich (formacja piaskowców z Wiśniówki). Skały te znane są z tworzenia gołoborzy. Kwarcyty daktylowe występują w Polsce na Dolnym Śląsku w okolicy wsi Krzywina - w tzw. Skałce Goethego.